植物的表型和健康受其体内外共栖的有益、有害真菌群落的动态平衡调控，而植物-真菌互作、真菌有益-有害类群互作，又在很大程度上受干旱等非生物因素的影响。近期，中国科学院微生物研究所高程团队利用全息组学（Holo-Omics）技术，整合植物和真菌的多个组学数据集，结合外源代谢物添加的真菌共培养实验，发现在干旱胁迫下，植物根系通过上调乙醇胺合成，特异性招募具生防潜力的内生真菌。内生真菌一方面通过磷脂代谢通路增强膜稳定性，另一方面分泌铁载体、非核糖体肽、聚酮等次代物质拮抗病原菌。研究发现，上述拮抗效应仅发生于植物开花前的干旱胁迫阶段，而开花后遭受干旱则无此现象；该时间窗口效应受到生态位空间和适合度差异的双向调控。

干旱、植物、内生真菌与植物病原真菌关系的结构方程模型

该研究成果以Holo-Omics disentangle drought response and biotic interactions among plant, endophyte and pathogen为题发表在New Phytologist上。中国科学院微生物研究所特别研究助理陈沛霖为论文第一作者，微生物研究所高程研究员为论文的通讯作者。美国加利福尼亚大学和美国能源部联合基因组研究所的科研人员也参与了此项研究。该研究得到中国科学院战略性先导科技专项和国家自然科学基金等项目的资助。